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我院研究生在国际顶级期刊《Nature》发表文章

 发布者:王仕龙  发布时间:2018年5月7日 作者:李文才  来源:学工处   点击量:

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图1.文章截图(左),3,010份栽培稻群体结构(右)

425英国时间),中国农业科学院研究生院在读博士研究生吴志超以并列第一作者身份(绿色下划线)在国际顶级学术期刊Nature上发表了题为“Genomic variation in 3,010 diverse accessions of Asian cultivated rice”的长篇幅文章Article这是我院研究生继在Nature Genetics》、《Science杂志上以第一或并列第一作者身份发表文章后首次问鼎Nature主刊。

3,000份水稻基因组计划”由中国农业科学院作物科学研究所著名科学家黎志康研究员主持,联合国际水稻研究所、华大基因,上海交通大学、中国农业科学院深圳农业基因组研究所等16家单位进行了深入的生物信息分析。

我国把栽培稻分为“籼”和“粳”gěng已有2000年以上的历史,国际学术界广泛使用的命名法却将两个亚群命名为IndiaJaponica存在一定的误解(可能被误解成“印度稻”和“日本稻”)。中国农业科学院首任院长丁颖先生曾系统提出我国的命名法,但没有被广泛采纳。该文章首次在国际顶级学术期刊采用了XianGeng命名方法,并且第一次将汉字“籼”和“粳”写到Nature期刊上,这对我国的稻作文化进行了宣传,呼吁全国科研人员采用这种命名方式。

该文章报道了植物基因组学最大量的SNPInDel多样性目前学界普遍认为亚洲栽培稻分为5个亚群,而此次分析结果提出了栽培稻9亚群群体分类方式(图1),将栽培稻群体结构进行了目前最为精细的划分,其中籼稻分为4个亚群,粳稻分为3个亚群,以及AusAro亚群。


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图2. 基因组结构变异的数量和群体分化

文章检测到栽培稻基因组中存在大量的基因组结构变异,这些结构变异导致了泛基因组多样性,并促进了群体分化(图2)。该文章构建了目前最为精确的栽培稻泛基因组(图3),检测到约2万个在参考基因组—日本晴基因组中不存在的基因单个个体基因组仅包含约70%的泛基因组;泛基因组存在明显的群体分化和许多进化特征。文章释放了植物基因组中最大量的数据,所使用的约3000份也公开向全国科研人员无偿提供,为科研和水稻育种提供了巨大量的电子和遗传资源。
            

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                                                 图3. 栽培稻泛基因组

吴志超同学于2013年考入中国农业科学院研究生院作物科学研究所,师从黎志康研究员,并于2015年成功获得硕博连读资格攻读博士研究生,师从徐建龙研究员和黎志康研究员。

文章链接:https://www.nature.com/articles/s41586-018-0063-9


 


 

 

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